Chuyến Tàu Ngày Tận Thế kể về một thị trấn nông thôn bí ẩn, nơi xảy ra những sự kiện kỳ lạ. Shizuru Chikura, một cô gái trẻ, đang tìm kiếm người bạn mất tích của mình. Cô cùng ba người bạn lên một chuyến tàu bí ẩn, bắt đầu cuộc hành trình ra thế giới bên ngoài, nơi sự sống còn trở nên khó khăn. Họ sẽ phải đối mặt với những thử thách gì ở điểm đến cuối cùng của [Chuyến Tàu Ngày Tận Thế]?