Cuộc Chiến Chén Thánh: Apocrypha kể về vụ trộm Chén Thánh Lớn ở Thành phố Fuyuki dẫn đến một dòng thời gian bị chia cắt, trong đó Cuộc chiến Chén Thánh Vĩ đại diễn ra ở quy mô chưa từng có.