Cuộc Chiến Chén Thánh: Stay Night kể về Shirou Emiya mất cha mẹ trong một vụ hỏa hoạn khi anh còn nhỏ và sau đó được pháp sư Kiritsugu Emiya nhận nuôi. Shirou bị cuốn vào Cuộc chiến Chén Thánh và triệu hồi một Servant nữ được gọi là Saber để bảo vệ anh và giành được Chén Thánh.