Grisaia: No Kajitsu kể về Học viện Mihama một môi trường học tập khép kín được thành lập để nuôi dưỡng những nữ sinh thấy mình bất hòa với thế giới xung quanh. Tuy nhiên, với sự xuất hiện của nam sinh đầu tiên của học viện, Kazami Yuuji đã làm các học sinh tại Mihama bắt đầu mất nhịp với nhịp điệu đã định sẵn của họ. Liệu Yuuji có chứng minh được mình là yếu tố mà các cô gái xung quanh anh cần để nắm giữ cuộc sống của họ một lần nữa, hay sức nặng của quá khứ sẽ chứng tỏ là một bức tường quá dốc để vượt qua?