Hiệu Thuốc Tại Dị Giới kể về Kanji Yakutani sau khi mất đi người em gái do một căn bệnh hiểm nghèo, nhà nghiên cứu y dược nổi tiếng thế giới Kanji Yakutani đã cố gắng hết sức để chữa cho các bệnh nhân bằng cách cống hiến cả cuộc đời để tìm ra một phương thuốc mới. Sau khi cống hiến cả sinh mạng mình đến mức hưởng dương ở tuổi 31, cựu dược sĩ tỉnh dậy trong thân xác một đứa trẻ 10 tuổi bị sét đánh. Anh phát hiện ra rằng mình đã chuyển sinh sang một thế giới thời Trung Cổ tên là Falma, dưới thân phận là con của gia đình De Médicis đáng kính. Ở trong một thế giới nơi thánh thuật – ma thuật được ban cho bởi những hộ thần- tồn tại, Falma nhận ra rằng cơ thể mình là vật chủ của Hộ thần của Y học. Cậu bé được ban cho thánh thuật huyền thoại có thể tạo ra, giảm bớt cũng như ngay lập tức chẩn đoán bệnh trong cơ thể con người. Cậu sớm phát hiện ra tình trạng kinh khủng của nền y học trong thế giới này: chỉ có dòng dõi quí tộc mới có đủ khả năng để được chăm sóc y tế, với những phương pháp kém hiệu quả nhất và có hại nhất. Sử dụng những kiến thức tiên tiến cùng với thánh thuật của mình, dù tuổi còn nhỏ nhưng dần dần Falma đã tạo nên danh tiếng của mình với tư cách một dược sĩ, thậm chí còn được thừa nhận bởi hoàng gia. Khi cậu cuối cùng đã lập được một cửa hàng dược phẩm của chính mình, cậu lên đường tiếp tục mục đích cải thiện nền chăm sóc sức khỏe của đế chế San Flueve và khiến cho ai cũng tiếp cận được nó.